Suatu produk yang dapat diakui sebagai produk organik apabila produk tersebut telah melalui proses sertifikasi oleh Lembaga Sertifikasi resmi yang telah terdaftar pada IFOAM (IFOAM, 1986). 

Lembaga-lembaga resmi dalam Sertifikasi dan Standarisasi Internasional dalam pertanian organik yang telah diakui adalah Lembaga IFOAM dan The Codex Alimentarius. Standar IFOAM adalah standar yang dasar bagi produk pertanian organik dan prosesnya yang telah ditetapkan sejak tahun 1980. 

Standar The Codex Alimentarius adalah standar yang telah disusun dengan penyesuaian Standar IFOAM dengan beberapa standar dan aturan yang lainnya.
sertifikasi dan standarisasi pertanian organik
Setiap negara terus berusaha menyusun standar pertanian organiknya. Uni Eropa misalnya yang telah mencapai kesepakatan mengenai aturan baru tentang produksi dan pelabelan produk organik dalam pertemuan di Brussel, Belgia Juni 2007.

Peraturan ini berlaku efektif Januari 2009. Peraturan baru yang mewajibkan pelabelan organik Uni Eropa bagi produk-produk organik yang akan dipasarkan di Uni Eropa. Tetapi produk tersebut dapat juga menyertakan label atau logo produk organik nasional atau swasta.

Standar di masing-masing Negara terkadang sering menyebabkan salah tafsir sehingga menimbulkan pasar produk pertanian menjadi terhambat. Sehingga hal ini menyebabkan diperlukannya suatu panduan harmonisasi dan kesetaraan standar organik yang akan dibangun dalam pertemuan-pertemuan badan/lembaga dunia.

Otoritas Pertanian Organik India telah memperoleh kesetaraan sistem dengan Departemen Pertanian Amerika Serikat (USDA) dan Uni Eropa sejak tahun 2006 sehingga menyebabkan mudahnya produsen India untuk memasarkan produk organiknya ke Amerika Serikat dan juga Uni Eropa dengan sertifikat organik yang telah diterbitkan oleh lembaga sertifikat lokal.

Departemen Pertanian Republik Indonesia juga telah menyusun standar pertanian organik di Indonesia yang tertuang dalam SNI 01-6729-2002. 

Sistem pertanian organik yang menganut paham organik proses artinya semua proses  dalam Sistem Pertanian Organik mulai dari penyiapan lahan hingga pasca panen harus memenuhi standar budidaya organik. 

SNI Sistem Pangan Organik ini adalah dasar bagi lembaga sertifikasi yang nantinya akan diakreditasi oleh Departemen Pertanian dan Pusat Standarisasi dan Akreditasi (PSA).