Alasan yang mendasari adanya pertanian organik yang mulai dikembangkan saat ini adalah karena adanya keprihatinan terhadap sistem pertanian konvensional yang menyebabkan banyak masalah terutama yang berkaitan dengan lingkungan. 

Secara umum pertanian organik mempunyai beberapa tujuan yaitu:
tujuan pertanian organik
  • Menghasilkan pangan yang berkualitas. Pertanian organik dapat menghasilkan pangan yang lebih sehat dan aman karena akan terhindar dari zat-zat yang berbahaya yang bersumber dari bahan-bahan kimia yang digunakan seperti pestisida, herbisida, fungisida yang menggunakan bahan-bahan kimia buatan. 
  • Melindungi pelaku pertanian. Proses pertanian organik yang tidak menggunakan bahan-bahan kimia akan menghindarkan para pekerja pertanian dari paparan zat-zat yang berbahaya dan menganggu kesehatannya. 
  • Melestarikan lingkungan hidup. Penggunaan pupuk kimia diketahui dapat menyebabkan penurunan terhadap kualitas kesuburan tanah. Penggunaan obat-obatan kimia juga dapat menyebabkan hilangnya aktivitas biologi tanah. 
  • Meningkatkan pendapatan petani. Harga pertanian organik dinilai lebih tinggi daripada produk pertanian konvensional karena produk yang dihasilkan lebih sehat, tidak beracun, dan berkualitas serta jumlahnya yang masih terbatas. 
  • Meningkatkan kemandirian petani. Dalam pertanian organik, produksi pupuk dan pengendalian hama dilakukan dengan memanfaatkan bahan-bahan lokal sehingga petani tidak akan lagi ketergantungan terhadap ketidakpastian harga dan pasokan saprotan.
Keuntungan Penerapan Pertanian Organik
Pertanian organik bersifat ramah lingkungan karena menggunakan bahan-bahan yang alami sehingga menghasilkan produk-produk yang sehat, bergizi dan aman dikonsumsi. 

Beberapa keuntungan dalam penerapan sistem pertanian organik adalah sebagai berikut:
  • Meningkatkan hasil pertanian dalam jangka panjang melalui input yang terjangkau karena memanfaatkan keanekaragaman hayati lokal. 
  • Meningkatkan mata pencaharian baru seperti pembuatan pupuk dan pestisida alami dan keamanan pangan yang sehat dan aman dikonsumsi. 
  • Membangun ketahanan pertanian terhadap perubahan iklim. 
  • Mengurangi resiko keuangan karena menggunakan input sumber daya yang terbarukan dan tersedia secara lokal. 
  • Mengintegrasikan praktek pertanian tradisional seperti integrase ternak-karet dan sejenisnya. 
  • Memungkinkan adanya peluang pasar baru baik dari pasar dalam negeri maupun pasar luar negeri. 
  • Menyediakan ketahanan sistem pertanian pada saat iklim ekstrem seperti musim kekeringan atau musim hujan yang terus menerus. 
  • Meningkatkan kesehatan manusia karena produk yang dihasilkan menyehatkan dan terhindar dari racun. 
  • Berkontribusi pada mitigasi perubahan iklim karena membantu mengurangi emisi gas rumah kaca dan menyerap karbon dalam tanah.